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食品微生物檢驗方法是食品質量管理必不可少的重要組成部分，它是貫徹“預防為主”的方針，可以有效地防止或者減少食物人畜共患病的發生，保障人民的身體健康。食品微生物檢驗是衡量食品衛生質量的重要指標之一，也是判定被檢食品是否食用的科學依據之一。通過食品微生物檢驗，可以判斷食品加工環境及食品衛生情況，能夠對食品被細菌污染的程度作出正確的評價，為各項衛生管理工作提供科學依據。
奶制品、預烹煮食品、飲用水、蛋制品、水果、谷物、嬰幼兒食品、肉及肉制品、軟體動物、禽肉、貝類、白明膠、香草（藥）、即食食品、罐頭食品、調味品，粉類制品、豆制品、冷凍飲品、糖果、海鮮、甜點、蔬菜、藻類、食療食品、米面制品等。
糕點類的：菌落總數，大腸菌群，霉菌，酵母菌，沙門，金葡，志賀
熟食類：菌落總數，大腸菌群，沙門，金葡，志賀
酸奶：霉菌，酵母菌，乳酸菌（有的是細分的乳桿菌，雙歧桿菌等等）沙門，金葡，志賀，大腸計數
奶粉，乳粉：菌落總數，大腸菌群，霉菌，酵母菌，沙門，金葡，志賀，而且一階段的要測阪崎腸桿菌。
純凈水，礦物質水、菌落總數，大腸菌群，霉菌，酵母菌，沙門，金葡，志賀
礦泉水：大腸菌群，銅綠假單胞菌，糞鏈球菌，產氣莢膜菌
菌落總數、菌落總數是指食品檢樣在嚴格規定的條件下（樣品處理、培養基及其pH值、培養溫度與時間、計數方法等）培養后，單位重量(g)、容積(mL)或表面積(cm2)上，所生成的細菌菌落總數。
菌落總數、大腸菌群、腸桿菌科的埃希氏菌屬，檸檬酸桿菌屬，腸桿菌屬和克雷伯菌屬統稱為大腸菌群 。它們均來自人或溫血動物腸道，不形成芽孢，在35－37℃條件下發酵乳糖產酸產氣的革蘭氏陰性桿菌。這些細菌是寄居于人及溫血動物腸道內的常居菌，它隨著大便排出體外。食品中如果大腸菌群數越多，說明食品受糞便污染的程度越大。故以大腸菌群作為糞便污染食品的衛生指標來評價食品的質量，具有廣泛的意義。
大腸菌群、致病菌、致病菌即能夠引起人們發病的細菌。大腸菌群檢驗呈陽性，并懷疑食品可能受到致病菌污染時可進行致病菌檢驗。在我國現有的國家標準中，致病菌一般指“腸道致病菌和致病性球菌”，主要包括沙門氏菌、志賀氏菌、金黃色葡萄球菌、致病性鏈球菌等四種，致病菌不允許在食品中檢出。
對不同的食品和不同的場合，應選擇一定的參考菌群進行檢驗。如海產品以副溶血性弧菌作為參考菌群，蛋與蛋制品以沙門氏菌菌、金黃色葡萄球菌、變形桿菌等作為參考菌群，米、面類食品以蠟樣芽孢桿菌、變形桿菌、霉菌等作為參考菌群，罐頭食品以耐熱性芽孢菌作為參考菌群等。
霉菌及其毒素
我國還沒有制定出霉菌的具體指標，鑒于有很多霉菌能夠產生毒素，引起食物中毒及其他疾病，故應該對產毒霉菌進行檢驗。如曲霉屬的黃曲霉、寄生曲霉等，青霉屬的橘青霉、島青霉等，鐮刀霉屬的串珠鐮刀霉、禾谷鐮刀霉等。
霉菌、其他指標、微生物指標還應包括病毒，如肝炎病毒、豬瘟病毒、雞新城疫病毒、馬芷克氏病毒、口蹄疫病毒、狂犬病病毒，豬水泡病毒等；另外，從食品檢驗的角度考慮，寄生蟲也被很多學者列為微生物檢驗的指標，如旋毛蟲、囊尾蚴、豬肉孢子蟲、蛔蟲、肺吸蟲、弓形體、螨、姜片吸蟲、中華分枝睪吸蟲等。
美國開展的食品微生物檢驗項目主要包括：需氧菌平板計數、糞大腸菌群、大腸埃希氏菌、凝固酶陽性葡萄球菌、沙門氏菌、霍亂弧菌、副溶血性弧菌、單核細胞增生李斯特氏菌、創傷弧菌、肉毒梭菌、麻痹性貝類毒素、神經性貝類毒素、遺忘性貝類毒素以及組胺等。
GB 4789.1-2010 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 總則
GB 4789.2-2010 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 菌落總數測定
GB 4789.3-2010 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 大腸菌群計數
GB 4789.4-2010 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 沙門氏菌檢驗
GB 4789.5-2012 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 志賀氏菌檢驗
GB/T 4789.6-2003 食品衛生微生物學檢驗 致瀉大腸埃希氏菌檢驗
GB 4789.7-2013 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 副溶血性弧菌檢驗
GB/T 4789.8-2008 食品衛生微生物學檢驗 小腸結腸炎耶爾森氏菌檢驗
GB 4789.9-2014 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 空腸彎曲菌檢驗
GB 4789.10-2010 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 金黃色葡萄球菌檢驗
GB 4789.11-2014 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 β型溶血性鏈球菌檢驗
GB/T 4789.12-2003 食品衛生微生物學檢驗 肉毒梭菌及肉毒毒素檢驗
GB 4789.13-2012 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 產氣莢膜梭菌檢驗
GB 4789.14-2014 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 蠟樣芽胞桿菌檢驗
GB 4789.15-2010 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 霉菌和酵母計數
GB/T 4789.16-2003 食品衛生微生物學檢驗 常見產毒霉菌的鑒定
GB/T 4789.17-2003 食品衛生微生物學檢驗 肉與肉制品檢驗
GB 4789.18-2010 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 乳與乳制品檢驗
GB/T 4789.19-2003 食品衛生微生物學檢驗 蛋與蛋制品檢驗
GB/T 4789.20-2003 食品衛生微生物學檢驗 水產食品檢驗
GB/T 4789.21-2003 食品衛生微生物學檢驗 冷凍飲品、飲料檢驗
GB/T 4789.22-2003 食品衛生微生物學檢驗 調味品檢驗
GB/T 4789.23-2003 食品衛生微生物學檢驗 冷食菜、豆制品檢驗
GB/T 4789.24-2003 食品衛生微生物學檢驗 糖果、糕點、蜜餞檢驗
GB/T 4789.25-2003 食品衛生微生物學檢驗 酒類檢驗
GB 4789.26-2013 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 商業無菌檢驗
GB/T 4789.27-2008 食品衛生微生物學檢驗 鮮乳中抗生素殘留檢驗
GB 4789.28-2013 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 培養基和試劑的質量要求
GB/T 4789.29-2003 食品衛生微生物學檢驗 椰毒假單胞菌酵米面亞種檢驗
GB 4789.30-2010 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 單核細胞增生李斯特氏菌檢驗
GB 4789.31-2013 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 沙門氏菌、志賀氏菌和致瀉大腸埃希氏菌的腸桿菌科噬菌體診斷檢驗
GB/T 4789.32-2002 食品衛生微生物學檢驗 大腸菌群的快速檢測
GB 4789.34-2012 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 雙歧桿菌的鑒定
GB 4789.35-2010 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 乳酸菌檢驗
GB/T 4789.36-2008 食品衛生微生物學檢驗 大腸埃希氏菌O157：H7/NM檢驗
GB 4789.38-2012 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 大腸埃希氏菌計數
GB 4789.39-2013 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 糞大腸菌群計數
GB 4789.40-2010 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 阪崎腸桿菌檢驗
